Funkcję Instytucji Zarządzającej Programem Regionalnym pełni Zarząd Województwa Zachodniopomorskiego, którego aparatem pomocniczym jest Urząd Marszałkowski Województwa Zachodniopomorskiego.
Kompetencje w zakresie zarządzania programem są bardzo szerokie – począwszy od jego opracowania, poprzez wybór projektów do dofinansowania, zlecanie płatności na rzecz beneficjentów i weryfikację poprawności ponoszonych przez nich wydatków, aż po całościowe monitorowanie postępów realizacji programu i weryfikację osiąganych celów.
Szczegółowy wykaz zadań wykonywanych przez Instytucję Zarządzającą obejmuje:
- Przygotowywanie propozycji kryteriów wyboru projektów do dofinansowania;
- Wybór projektów do dofinansowania;
- Zawieranie z wnioskodawcami umów o dofinansowanie projektu lub podejmowanie decyzji o dofinansowaniu projektu;
- Zlecanie płatności na rzecz beneficjentów;
- Zapewnienie aktualności i poprawności danych służących do monitorowania realizacji programu;
- Pełnienie funkcji instytucji certyfikującej;
- Prowadzenie kontroli realizacji programu, w tym weryfikacja prawidłowości wydatków ponoszonych przez beneficjentów;
- Nakładanie korekt finansowych;
- Odzyskiwanie kwot podlegających zwrotowi (np. środków niewykorzystanych, odsetek, należności do zwrotu w związku z nieprawidłowościami);
- Ewaluacja programu;
- Monitorowanie postępów realizacji programu;
- Zapewnienie informacji o programie i jego promocja.
Instytucja Zarządzająca w perspektywie 2021-2027 przekazuje część swoich zadań do realizacji Instytucjom Pośredniczącym. Ciągle jednak zachowuje pełną odpowiedzialność za całość realizacji programu.
Dla realizacji programu Fundusze Europejskie dla Pomorza Zachodniego 2021-2027 wyznaczono Instytucję Pośredniczącą – Wojewódzki Urząd Pracy w Szczecinie. Rolę Instytucji Pośredniczącej mogą pełnić wyłącznie jednostki sektora finansów publicznych.
W drodze pisemnych porozumień zostają powierzone zadania związane z wdrażaniem Programu, z następującego zakresu:
- wybór projektów do dofinansowania;
- zawieranie z wnioskodawcami umów o dofinansowanie lub podejmowanie decyzji o dofinansowaniu;
- zlecanie płatności, o których mowa w art. 188 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych oraz dokonywania wypłaty współfinansowania krajowego z budżetu państwa na rzecz beneficjentów, po uzyskaniu pisemnej zgody dysponenta części budżetowej;
- zapewnienie aktualności i poprawności danych służących do monitorowania Programu Regionalnego;
- prowadzenie kontroli realizacji Programu Regionalnego;
- weryfikacja prawidłowości wydatków ponoszonych przez beneficjentów;
- nakładanie korekt finansowych;
- odzyskiwanie kwot podlegających zwrotowi, w tym: wydawanie decyzji o zwrocie środków przeznaczonych na realizację projektów oraz decyzji o zapłacie odsetek, wydawanie decyzji o umorzeniu w całości albo w części oraz o odroczeniu albo rozłożeniu na raty spłaty należności wynikających z obowiązku zwrotu środków przeznaczonych na realizację projektów;
- współpraca z Instytucją Zarządzającą w zakresie ewaluacji Programu Regionalnego;
- monitorowanie postępów realizacji Programu Regionalnego.
Wojewódzkiemu Urzędowi Pracy w Szczecinie zostają powierzone zadania z zakresu wdrażania osi priorytetowych obejmujących cele tematyczne dotyczące wspierania zatrudnienia i mobilności pracowników, wspierania włączania społecznego i walki z ubóstwem oraz inwestowania w edukację, umiejętności i uczenia się przez całe życie.